دومین مکان بعد از حرم امام رضا علیه السلام حرم حضرت معصومه سلام الله علیها در شهر قم است.
در سال ۲۰۱ هجری قمری و یک سال پس از سفر امام رضا (ع) به مرو، حضرت فاطمه معصومه (س) راهی دیدار برادر خود می‌شوند. در مسیر مرو و در شهر ساوه به دلیل درگیری میان همراهان حضرت و مخالفان اهل بیت، ایشان راهی قم شده و با استقبال بزرگان این شهر در منزل شخصی موسی بن خزرج ساکن می‌شوند. پس از ۱۷ روز و در اثر بیماری حضرت معصومه (س) در سن ۲۸ سالگی دار فانی را وداع می‌گویند و ایشان را در باغ بابلان قم دفن می‌کنند.
پس از دفن ایشان مزاری ساده با یک سایبان ساخته می‌شود که تا نیمه قرن سوم هجری قمری پابرجا بوده و سپس یک قبه برجی شکل توسط دختر امام جواد (ع) در این محل احداث می‌گردد. به مرور زمان و با دفن بزرگان علوی در این محل دو گنبد دیگر ساخته می‌شود. در سال ۴۴۷ هجری قمری در دوران سلجوقی دستور ساخت زیارتگاهی ساده و بدون ایوان و گلدسته و با سه گنبد صادر می‌شود که تا سال ۴۵۷ هجری قمری تکمیل می‌گردد.
در سال ۶۰۵ هجری قمری مظفر احمد بن اسماعیل امیر و بزرگ خاندان آل مظفر دستور کاشی کاری حرم را به محمد بن ابی طاهر کاشی قمی داد و او نیز به مدت ۸ سال مشغول به این کار بود. شاردن مورخ فرانسوی که در عصر صفوی در ایران زندگی می کرد گفته است کتیبه سر در عبارت “مشتاق درک” را جهت ثبت درج سال بنا بوده است که بنا به حساب ابجد برابر است با سال ۱۰۶۵ هجری قمری که مصادف است با زمان پادشاهی شاه عباس دوم. در نهایت در سال ۱۳۷۷ هجری شمسی مرقد حضرت معصومه سلام الله علیها به شکل امروزی بنا گردید.
اولین ضریح آجری حرم حضرت معصومه ،در دوره شاه تهماسب با کاشی های رنگی در سال ۹۶۵ هجری قمری ساخته شد. این ضریح تا سال ۱۲۳۰ هجری قمری به همان صورت ساده و آجری بود تا این که فتحعلی شاه تصمیم گرفت با نقره های موجود در خزانه همان ضریح را با نقره بپوشاند. در نهایت در سال ۱۳۶۸ هجری شمسی ضریح امروزی ساخته شد و بر روی مزار حضرت معصومه سلام الله علیها قرار گرفت.
پادشاهان زیادی از صفویان و قاجاریان در حرم حضرت معصومه مدفون هستند مانند شاه صفی، شاه عباس دوم، شاه سلیمان و شاه سلطان حسین صفوی و از پادشاهان قاجار نیز فتحعلی شاه و محمد شاه قاجار در این حرم به خاک سپرده شده اند.
