کتاب قیام امام حسین اثر دکتر شهیدی ، در سال 1357 روانه بازار نشر شده است و تاکنون بیش از 32 مرتبه تجدید چاپ شده است.از آنجا که این کتاب به تحلیل واقعه عاشورا پرداخته است و با دلایلی محکم علت این ماجرای بزرگ تاریخی را بررسی کرده است بسیار مورد استقبال قرار گرفته است. او خود در این مورد می نویسد: مقصود من از نوشتن این یادداشت‌ها مقتل نویسی، تبلیغ مذهبی و حتی نوشتن تاریخ نیست. من کوشیده ام تا خود بدانم آن چه رخ داد، چرا رخ داد؟» (ص 7)
چرا مسلمانان به جنگ فرزند پیامبرشان رفتند؟ چرا کمی بعد از دوران پیامبر شیوه مسلمانان تغییر کرد؟ چرا امام حسین حاضر به سازش با یزید نشد؟ و ده ها سوال دیگر درباره قیام خونین امام حسین (ع) که ممکن است ذهن بسیاری را به خود مشغول کرده باشد در این کتاب بررسی شده اند.
دکتر سید جعفر شهیدی در باره کتاب قیام امام حسین می گوید: من در این کتاب از زاویه‌ای بدین حادثه نگریسته‌ام که در گذشته کمتر بدان توجه کرده‌اند. اگر در چنین کوششی توفیق یافته باشم، یقین دارم آنچه به دست آورده‌ام، عبرتی برای حال و آینده خواهد بود. چه اگر قهرمان حادثه کشته شده است [اما] آنچه او برای آن می‌جنگید و آنان که برای رسیدن به هدف بدو وعده یاری دادند و به وعده خود وفا کردند یا نکردند، در طول تاریخ فراوان بوده و هستند و خواهند بود. (ص 8)
در بخشی از کتاب پس از پنجاه سال پژوهشی تازه پیرامون قیام حسین(ع) می‌خوانیم:
اسلام بسیاری از بیابان‌نشینان تابع اسلام رئیس قبیله بود، و اسلام بسیاری از این رئیسان به خاطر بیم یا طمع، و خدا می‌داند چند تن از این شیوخ از ترس شمشیر، اسلام آوردند و چند تن به طمع غنیمت و سروری خود را مسلمان خواندند. چیزی که هست به‌حکم ظاهر، پیغمبر با آنان مانند مسلمان رفتار می‌کرد، یعنی همین که کلمه توحید بر زبان می‌آوردند خون و مال آنان محترم شمرده می‌شد.
اما قرآن و همچنین سنت پیغمبر با تنبیه و گاهی با تهدید به آنان هشدار می‌داد. محمد (ص) درون بسیاری از این مردم را می‌دانست، اما نمی‌خواست پرده حرمت ایشان را بدرد. گاه‌گاه به زبان وحی به آنان گفته می‌شد که خدا و رسول ازآنچه در دل این مردم دورو می‌گذرد آگاهند. و مپندارند که محمد را فریب می‌دهند. به مسلمانان هشدار می‌داد که از اینان بر حذر باشید و آنان را دوست خود مشمارید. «این منافقان انتظار می‌برند تا پایان کار چه باشد. اگر بر شما شکستی رسید، می‌گویند چه خوب شد که با آنان نبودیم و اگر پیروزی یافتید می‌گویند کاش با شما بودیم و پیروزی می‌یافتیم.»
بسیاری از بزرگان شهر مکه نیز هیچ‌گاه از ته دل مسلمان نشدند. شبی که سپاهیان مدینه نزدیک مکه رسیدند، عباس عموی پیغمبر از اردو بیرون آمد و به جستجو پرداخت. می‌خواست پیش از آن‌که پیغمبر به مکه درآید، مردم شهر را خبر دهد تا چاره‌ای بیندیشند و تسلیم شوند. در آن شب به ابوسفیان دشمن سرسخت پیغمبر برخورد و او را پناه داد و نزد محمد برد، سپس برای آن‌که به او بفهماند که راهی جز تسلیم ندارد، وی را درجایی نگاه داشت تا سربازان اسلام از پیش روی او بگذرند.
در چنین وقتی ابوسفیان به عباس گفت پادشاهی برادرزاده‌ات بزرگ شده است! عباس به او هشدار داد که کلمه پادشاهی معنی ندارد. این شکوه پیغمبری است. ابوسفیان به‌ظاهر پذیرفت، ولی آیا دل او با آنچه به زبان آورد یکی بود؟ رفتار او پس از مرگ پیغمبر، تااندازه‌ای حقیقت را نشان می‌دهد.
به‌هرحال پس از فتح مکه چنان‌که می‌دانیم قریش تسلیم شد. روز فتح شهر، خانه مهتر این خاندان، ابوسفیان، پناهگاه شد. پس از مرگ پیغمبر این تیره چنان‌که دیدیم بالاترین امتیاز را به دست آورد و مقام رهبری مسلمانان خاص قریش شد. در دوران کوتاه ابوبکر بیشتر کوشش وی و سران اصحاب پیغمبر در کار سرکوبی متمردان یا اهل رده به کار رفت.
